در حال حاضر، دانشگاه خوارزمی در ۵  رشته گرایش  زیر در مقطع کارشناسی ارشد به شیوۀ مجازی دانشجو می پذیرد:
-مهندسی صنایع – گرایش بهینه سازی سیستم ها
-مهندسی صنایع – گرایش لجستیک و زنجیره تامین
-مدیریت کسب وکار(MBA)-سیستمهای اطلاعاتی و فناوری اطلاعات
-مدیریت کسب و کار(MBA) گرایش استراتژیک
-مدیریت کسب وکار(MBA) -بازاریابی

پذیرش دانشجو در دوره ی مجازی توسط سازمان سنجش آموزش کشور و در چارچوب سیاست ها و مقررات آموزشی دانشگاه خوارزمی صورت می گیرد.